SMK Muhammadiyah 2 Samarinda sejak Tahun 2020 sudah melaksanakan kerjasama kemitraan/ MoU bersama Perguruan Tinggi/IDUKA terkait Magang Siswa, Magang Guru dan Guru Tamu dalam rangka Peningkatan Kompetensi Siswa dan Guru, Penyelarasan Kurikulum dan lain-lain, dibawah ini beberapa Perguruan Tinggi/IDUKA yang sudah bekerjasama dab bermitra dengan SMK Muhammadiyah 2 Samarinda yaitu :
- UMKT
- Universitas Mulia
- POLNES
- STMIK WICIDA
- BANK KALTIM SYARIAH
- Dinas Kesehatan Kota Samarinda
- Kimia Farma
- Apotik Mustang
- Kesbangpol
- Disduk Capil
- Dinas Perhubungan
- Bank BTN
- Kantor Kelurahan Jawa