Beasiswa yang ada di SMK Muhammadiyah 2 Samarinda adalah:
I. Beasiswa Program Peningkatan Akademik (PPA)
Beasiswa Program Peningkatan Akademik (PPA) ini diberikan kepada siswa/siswi SMK Muhammadiyah 2 Samarinda yang memiliki peringkat terbaik di masing masing program keahlian/jurusan. Beasiswa PPA ini diberikan setiap 1 semester sekali, dengan Potongan biaya SPP 1 bulan.
II. Beasiswa Stimulan Siswa
Beasiswa ini berasal dari Pemerintah Daerah Propinsi Kalimantan Timur Jenis Program Beasiswa Stimulan Siswa terdiri dari :
1. Beasiswa Stimulan Siswa – Umum diberikan kepada Siswa yang memiliki :
a. prestasi akademik; dan
b. prestasi non-akademik.
2.Beasiswa Stimulan Siswa – Khusus diberikan kepada Siswa :
a. miskin;
b. anak berkebutuhan khusus;
c. berasal dari daerah Terdepan, Terluar dan Tertinggal (3T);
d. Anak/Cucu Veteran;
e. anak korban Kekerasan Dalam Rumah Tangga/KDRT (maksimal usia 21 tahun saat mendaftar);
f. penghafal kitab suci Alquran (Hafidz/Hafidzoh) 5-15 Juz; atau
g. berdasarkan pertimbangan/kejadian khusus.
3. Beasiswa stimulan sertifikasi keterampilan diberikan kepada Lulusan
Sekolah Menengah Kejuruan (SMK)-Sederajat yang telah lulus paling lama 2 tahun dan sedang mengikuti sertifikasi keterampilan di Lembaga Sertifikasi Profesi.
III. Beasiswa Program Indonesia Pintar
Beasiswa ini merupakan bantuan berupa uang tunai, perluasan akses, dan kesempatan belajar dari pemerintah yang diberikan kepada peserta didik yang berasal dari keluarga miskin atau rentan miskin untuk membiayai pendidikan melalui Kartu Indonesia Pintar (KIP)